Основні завдання відділу правозастосування і розслідувань у сфері державного експортного контролю:

• здійснення контролю за доставкою та кінцевим використанням товарів;
• визначення можливості видачі дозволів на право імпорту, експорту товарів, міжнародних імпортних сертифікатів, висновків на право транзиту товарів або проведення переговорів, пов'язаних з укладанням зовнішньоекономічних договорів (контрактів) на здійснення міжнародних передач товарів, а також доцільності скасування або зупинення дії цих дозволів (висновків) та документів у разі виявлення фактів порушення законодавства в галузі  державного експортного контролю;
• опрацювання питань щодо можливості надання повноважень на право здійснення експорту, імпорту товарів військового призначення та товарів, які містять відомості, що становлять державну таємницю;
• забезпечення міжвідомчої взаємодії з правоохоронними та розвідувальними органами України;
• запобігання правопорушенням у галузі державного експортного контролю та притягнення до відповідальності суб'єктів здійснення міжнародних передач товарів;
• здійснення верифікації документів, що стосуються державного експортного контролю (сертифікатів кінцевого споживача, міжнародних імпортних сертифікатів).